中心实行理事会和主任负责制相结合的组织结构。理事会由主席和委员共同组成。在日常工作方面实行主任负责制，中心主任及行政机构的基本职责：一是负责筹划、实施中心的长远发展目标；二是为中心的各项研究工作提供服务、支持和日常管理。

中心日常行政实行主任负责制，中心主任及行政机构的基本职责一是为中心的各项研究工作提供服务、支持和日常管理，二是负责筹划、实施中心的长远发展目标。

此外，在主任、副主任之下，中心还设有2名项目主任，负责具体实施中心的研究和培训计划；中心的行政办公室共有6名工作人员，其中4名是兼职。

中心还聘请了一批国内知名学者作为中心的顾问和学术委员，其中国内顾问有费孝通、雷洁琼、季羡林、蔡子民、王铁崖、侯仁之等。国外顾问有邹谠（Tang Tsou）、斯卡拉宾诺（Robert A. Scalapino）、奥克森伯格（Michel Oksenberg）、鲍大可（A. Doak Barnett）、魏斐德（Frederic Wakeman）等。

中心也聘请了一批国外知名的学者担任客座研究员。包括来自美国、英国、德国、俄国、日本等20余国家的中国学专家共约40余人。中心集中和吸引北京大学社会多科学方面的部分优秀学者。这些学者构成了中心基本的研究队伍。

2000年中心选举了第二届理事会，点击进入查看