中心实行理事会和主任负责制相结合的组织结构。理事会由主席和委员共同组成。在日常工作方面实行主任负责制，中心主任及行政机构的基本职责：一是负责筹划、实施中心的长远发展目标；二是为中心的各项研究工作提供服务、支持和日常管理。

• 丁石孙 全国人大常务委员会 副委员长 北京大学 教授、博士生导师
• 王学珍 北京大学校务委员会 副主任、教授
• 王缉思 北京大学国际关系学院院长、教授、博士生导师
• 王浦劬 北京大学政府管理学院常务副院长、教授、博士生导师
• 王世明 中共中央宣传部机关事务服务中心 主任
• 乐黛云 北京大学比较文学与比较文化研究所 主任、教授、博士生导师
• 刘宇辉 北京大学办公室 主任
• 李章泽 中共北京市委办公厅 副主任、博士
• 沈仁道 北京市政协 副主席 北京市委统战部 部长
• 闵维方 北京大学 书记、教授、博士生导师
• 张康琴 北京大学经济学院 教授、博士生导师
• 吴同瑞 北京大学教学科研工作委员会 委员、教授
• 吴志攀 北京大学副校长、教授、博士生导师
• 沈明明 北京大学中国国情研究中心 主任、副教授、博士
• 杨  明 北京大学中国国情研究中心 副主任、副教授
• 赵宝煦 北京大学中国国情研究中心 名誉主任、教授、博士生导师
• 郝  平 北京大学 校长助理 北京大学国际交流合作部 部长、博士
• 袁  明 北京大学国际关系学院 副院长 北京大学国际关系研究所 所长、教授、博士生导师
• 彭近新 国家环境保护局政策法规司 司长
• 阚延河 教育部思想政治司 副司长